Asıl adı Muhammed Mursi İsa el-Eyyat'tır.
1951 yılında Mısır'ın Şarkiye ilinde dünyaya geldi.
İlk eğitimini Şarkiye'de aldıktan sonra Kahire Üniversitesi'nde Mühendislik Bölümü'nde okudu. Güney Kaliforniya Üniversitesi'nde Mühendislik doktorasını tamamladı. Northridge Kaliforniya Eyalet Üniversitesi'nde yardımcı doçent olarak eğitim kariyerine devam etti. Eğitimini tamamladıktan sonra Mısır'daki Zagazig Üniversitesi'ne gitti ve orada ders vermeye başladı.
İdeolojisi İslamcılık üzerine kuruluydu. Bu sebepten Mısır'daki Müslüman Kardeşler'e katılarak siyasete atıldı. 2000 ve 2005 yıllarında milletvekili seçildi. Müslüman Kardeşler kanunen tanınmadığı için Meclis'e bağımsız milletvekili olarak girdi. 5 yıl Mısır Halk Meclisi üyeliği yaptı.
2011 yılında Mısır'da devrim olurken Müslüman Kardeşler'in muhalif lideri olarak dikkat çekti. 30 Nisan 2011 tarihinde Müslüman Kardeşler'in kurduğu, Özgürlük ve Adalet Partisi'nin Başkanı seçildi.
2012 Mısır Cumhurbaşkanlığı seçimlerinde Müslüman Kardeşler'in aday gösterdiği Hayrat Şatır'ın adaylığı düşünce, yerine Muhammed Mursi seçildi. Yoğun seçim kampanyası yürüttü. İlk turda %25.5 oy aldı ve ikinci tura girmeye hak kazandı. İkinci turdan da, %51.73 oy alarak, 5. cumhurbaşkanı oldu.
2012–13 Mısır protestoları adıyla bilinen, 3 Temmuz 2013 tarihinde yapılan büyük gösteriler sonucu Mısır ordusu yönetime el koydu. Mursi ise darbeyi kabul etmediğini açıkladı ve yandaşlarına direnmelerini söyledi. Muhammed Mursi'nin gözaltına alındığı, ev hapsinde tutulacağı bildirildi.
