Almanca “Krumme Aue” kelimesinden geliyor; yani “çarpık çayır”. Kıvırılıp uzayan Vltava Nehri’nin oluşturduğu menderes üzerine kurulu olan kasabaya, kaleden bakınca neden bu ismi aldığı anlaşılıyor.
Latin dokümanlarda, 1253’lerde Crumlovia veya Crumlovium ismi ile anılan Cesky Krumlov, ismi ise şimdiki adıyla 1309 yıllarında anılmaya başlanmış.