Tasarımı mimar Emre Arolat tarafından yapılan Sancaklar Camisi'ni diğer camilerden ayıran en büyük özelliği, eğimli arazisi nedeniyle yerin altındaymış hissi vermesi. Dikdörtgen minaresi, özel led ışıklar ve mihrap duvarından sızan gün ışığından faydalanılarak aydınlatılması, kademeli saflarının olması, inşasında kayrak ve bazalt taşlarının kullanılması, kimyasal boya kullanılmaması Sancaklar Camisi'ni diğer dini yapılardan ayıran diğer özellikleri.
Caminin üst avlusunu çevreleyen yüksek duvarlar, karmaşık dünya ile içerideki huzurlu atmosfer arasındaki belirgin sınırı vurguluyor. Avludaki merdivenlerden aşağı doğru inince dışarıdaki dünya tamamen geride bırakılıyor, cami tamamıyla toprakla bütünleşiyor.